この記事では、電子契約は税務署への届出が必要なのかについて説明していきます。

税務調査では取引の「いつ・誰が・何を」行ったかという実態を確認できるようにしましょう。電子契約データについても、画面上での提示や書面出力の要求に応じられる環境整備が求められます 。また、改ざん防止措置や検索機能など電子帳簿保存法の要件を満たしていることも重要なポイントです。

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多くの企業が電子契約の導入により、契約業務の効率化とコスト削減を実現しています。業間取引はもちろん社内のやり取りに至るまで、さまざまな契約・書類で電子契約の活用が進んでいます。この機会にぜひ導入をご検討ください。

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電子契約は税務署への届出が基本的に不要

電子契約を導入して契約書類をデータ保存する際に、税務署への特別な届出や申請は必要ありません 。2022年の電子帳簿保存法改正によって、帳簿書類を電子保存するための税務署長への事前承認制度が廃止されたためです 。従って、電子契約を始めても税務署に「導入届」のような手続きを別途行う必要はありません。

なお、例外的な制度として「優良電子帳簿」（後述）があります。この制度では過少申告加算税の軽減措置を受けるために届出書を税務署へ提出するケースがあります。しかし、これは電子契約導入そのものに関する届出ではなく、任意で受けられる税務上のインセンティブ措置に過ぎません。

法改正前に存在した「事前承認（届出）制度」とは何？

「事前承認（届出）制度」とは、電子帳簿保存法（および関連制度）が改正される前に存在した仕組みです。企業が帳簿や書類を電子データで保存しようとする場合、所轄税務署長の承認を事前に受けなければならないというものでした。具体的には、電子データで国税関係帳簿などを保存開始する3カ月前までに承認申請書を提出し、税務署の許可を得る必要があったのです。

なぜこのような承認が必要だったかというと、電子データは紙に比べて改ざんや削除が容易という性質があるためです。紙の書類では原本を改ざんするのは困難ですが、電子契約書のデータは技術的に修正がかんたんにできてしまいます。そこで、データの信憑性・真正性を確保するために「この事業者の保存方法（システムや運用ルール）は適切か」をあらかじめ税務署がチェック・承認する枠組みが設けられていたと言えます。

改正後の扱い：事前承認制度の廃止

2022年1月1日の電子帳簿保存法改正により、この事前承認制度は原則廃止されました 。今では税務署長の許可を得なくとも、要件さえ満たせば帳簿書類を電子データで保存できます。ただし、廃止＝何も準備不要という意味ではありません。電子データ保存を行うためには、事業者自ら電子帳簿保存法の定める保存要件（後述する検索機能や真実性の確保など）を満たす運用体制を整備しておく必要があります。

関連：【2024年義務化】電子帳簿保存法の対象書類や保存要件、最新改正内容をわかりやすく解説

また改正後も、前述した優良電子帳簿については所定の届出書提出が求められるケースがあります。これは電子データ保存の可否に関する「事前の許可」ではなく、あくまでインセンティブを受けるための任意届出である点に注意しましょう。

備考：優良電子帳簿とは

優良電子帳簿とは、電子帳簿保存法上の保存条件を高いレベルで満たしている帳簿データのことです。通常、会計帳簿などを電子データで保存する場合は一定の保存要件をクリアする必要がありますが、その中でも特に厳格な要件を満たしたものを「優良」と位置付けます。

優良電子帳簿に認められると、税務調査で万一申告漏れなどが見つかった場合に課される過少申告加算税が軽減されるメリットがあります。一般的に申告漏れがあると10%（重度の場合15%）の過少申告加算税が課されますが、帳簿が「優良電子帳簿」として適切に届出・運用されていれば、その加算税が5%に軽減されます。ただし、隠蔽や仮装がある悪質なケースではこの措置は適用されません。

なお、優良電子帳簿として認定措置を受けるには所轄税務署への届出が必要です。これは先述のとおり法定必須ではなく、あくまで自主的に受けられる優遇策となります。従って、すべての事業者がこの届出を行わなければならないわけではなく、自社の状況に応じて検討すれば良いでしょう。

書面契約を電子化する際に必要な届出はある？

以前は、紙の契約書をスキャナで読み取って電子データ化（スキャナ保存）する場合にも、電子帳簿保存法に基づく事前承認（税務署長の許可）が必要でした。

しかし令和4年（2022年）1月1日の改正でこの制度は廃止されています 。そのため、現在では紙の契約書類をスキャンして電子保存し始める際に、税務署への届出や承認は不要です。

ただし、過去に作成された書面契約（改正前の契約書類）を後からスキャナ保存する場合には注意が必要です。過去分「重要書類」（例：契約書・請求書・領収書など）をスキャナ保存に切り替えるときは、開始前に「国税関係書類の電磁的記録によるスキャナ保存の適用届出書（過去分重要書類）」の提出が必要です。

 電磁的記録によるスキャナ保存を行っている国税関係書類と同一の種類の書類について、その基準日前に作成又は受領をした書類（一般書類を除く。以下「過去分重要書類」といいます。）の電磁的記録によるスキャナ保存をする場合に、税務署長に対して行う届出手続です。

引用：A1-49、C1-73、H4-4国税関係書類の電磁的記録によるスキャナ保存の適用届出（過去分重要書類）/ 国税庁

また、「改正前の契約だから届出が要る」ではなく、「スキャナ保存開始日より前に作成・受領した重要書類だから届出が要る」という点に注意が必要です。また、一般書類（見積書など）は届出不要です。ただし、一般書類は対象外です。

なお、スキャナ保存を行う際には解像度やカラー要件、原本廃棄までの期間など満たすべき細かな要件があります。これらの詳細については本記事の範囲を超えるため割愛しますが、電子契約と同様に後述する「真実性」・「見読性」・「検索性」を確保した形で運用することが求められる点は押さえておきましょう。

税務調査においても電子契約は有効

税務調査において、電子契約についておさえておくべきは以下2点です。

1. 税務調査において電子契約は紙の契約書と同等の証拠書類として扱われること
2. 税務調査において、電子契約の場合課税文書に含まれないため原則「非課税」であること

税務調査において電子契約は紙の契約書と同等の証拠書類として扱われること

まず、電子契約による契約書も、税務調査においては紙の契約書と同等の証拠書類として扱われます。従って、適切に保存・管理しておけば電子契約書でも問題なく税務調査に対応可能です。

特に近年の電子帳簿保存法改正により、電子取引データ（電子契約書を含む）の電子保存が義務化されているため、これを遵守していないと税務上「書類保存義務違反」と見なされるリスクがあります 。

重要なポイントは、2024年1月以降は電子契約書を紙に出力して保存する方法が原則認められないことです。メール添付やクラウド経由で授受した契約書PDFなどは、印刷ではなく電子データのまま保管しなければなりません。従来どおり紙でファイリングしていると違反となる可能性があるので注意が必要です。

税務調査において、電子契約の場合課税文書に含まれないため原則「非課税」であること

また、税務調査において、電子契約の場合課税文書に含まれないため原則「非課税」です。そのため、常に電子契約の場合は印紙税は非課税となります。そのため、税務調査の場面でも、電子契約の場合、印紙税の申告漏れを考慮する必要はありません。

関連：なぜ電子契約では収入印紙が不要なの？政府見解に基づいて印紙税がいらない理由を解説

電子契約書の保存における3つの要件: 「真実性」・「見読性」・「検索性」

電子契約データを適法かつ適切に保存するには、次の3つの要件を満たす必要があります 。

1. 真実性の確保: データが改ざんされておらず、真正であることを担保すること。
2. 見読性の確保: 保存したデータを人間がすぐに読める状態にしておくこと。
3. 検索性の確保: 後からデータを取引日や金額などで検索・抽出できるようにしておくこと。

真実性を確保するためのポイント

「真実性の確保」とは、電子契約データが改ざんされていないことを証明できる状態にすることです。具体的には以下のような対策が考えられます。

項目	詳細
電子署名＋タイムスタンプの付与	契約データ（PDFなど）に発行者の電子署名とタイムスタンプを付すことで、署名時点以降データが変更されていないことを証明できます。たとえば電子契約サービスでは契約締結と同時にタイムスタンプが付与されるため、改ざんチェックが容易です。
システム上の改ざん防止機能	データの履歴を自動保存するシステムを利用しましょう。契約書の閲覧・更新ログや、削除ができない権限管理を備えたサービスを使えば、勝手な改ざんや削除を防止できます。
事務処理規程の整備	社内で「いつ・誰が・どのように契約データを処理するか」を定めたルール（事務処理規程）を作成し運用しましょう。紙と違い電子データは人為的操作が痕跡なく行えるため、社内ルールで正当な理由のない訂正・削除を禁止し、もし変更が必要な場合は理由を記録するよう定めておきます。こうした規程は改ざんを防ぐ抑止策となり、結果的に税務調査時に記録の信頼性を示す助けになります。

問17　請求書や領収書等を電子的に（データで）受け取った場合、どのように保存すればよいですか。
【回答】
 電子的に受け取った請求書や領収書等については、データのまま保存する方法と、書面又はＣＯＭに出力して保存する方法があります。いずれの方法によるかは保存義務者（所得税法や法人税法により保存が義務付けられている方）の任意であり、税務署長による承認も必要ありません。
 データのまま保存する場合、その真実性を確保する観点から、以下のいずれかの条件を満たす必要があります（規８1）。

(1)　タイムスタンプが付与されたデータを受領（規８1一）
(2)　受領後遅滞なくタイムスタンプを付与（規８1二）
(3)　データの訂正削除を行った場合にその記録が残るシステム又は訂正削除ができないシステムを利用（規８1三）
(4)　訂正削除の防止に関する事務処理規程を策定、運用、備付け（規８1四）
 また、事後的な確認のため、検索できるような状態で保存すること（規３1五）や、ディスプレイ等の備付け（規３1三イ、四）も必要となります。

参考）Ⅱ　適用要件 【基本的事項】| 国税庁

見読性の確保に必要な要件

電子契約書は、税務調査時にすぐ内容を確認できる状態で保存しておく必要があります。具体的には次の対応が求められます。

項目	詳細
画面上で即座に閲覧可能にする	契約書データを保存しているPCやクラウド上で、必要なときにすぐ開いて表示できるようにしておきます。調査官から提示を求められた際に、「すぐその場で画面に表示できる」状態が理想です。
書面出力にも対応	税務署から書面での提出を求められた場合に即座にプリントアウトできるようにしましょう。プリンタを設置していない、フォーマット崩れで印刷できない、といったことがないよう準備しておきます。
統一フォーマットで保存	契約書ファイル形式は可能な限り統一しましょう。一般的にはPDF形式で保存しておくと無難です。閲覧ソフトの違いによる不具合が生じにくく、見読性を長期間担保できます。くわえて、保存場所には十分なサイズのディスプレイとプリンタを備え付け、画面・書面ともに明瞭に出力できる環境を整えておくことが望ましいです。

４ 見読性を確保するための機能は、次に定めるところによる。
一 検索機能 記録されている電子化文書に検索のために必要な情報（検索項目）を付加し、
かつ、その検索項目を活用して該当する電子化文書を抽出できること。
二 検索項目設定機能 検索項目に、ⅰ）取引日付、ⅱ）取引金額、ⅲ）取引先名称が設定で
き、日付又は金額の項目は範囲指定を可能とし、任意の２項目以上の検索項目を組み合わせ
て検索できること。
三 帳簿との関連性を確保する機能 電子化文書には、管理用通番として伝票番号を付し、帳
簿に記載される内容と関連付けを行う。
四 整然とした形式で速やかに紙出力する機能 記録されている電子化文書及びログ等の管理
情報をデータフォーマットの種類にかかわらずディスプレイやプリンタに整然とした形式で
国税関係書類と同程度の明瞭さを確保しつつ速やかに出力することができること。
五 ４ポイント文字が認識できる機能 本システムは JIS X 6933 又は ISO12653-3 テストチャ
ートの４ポイント文字が認識でき、電子化文書を拡大縮小表示できること。

参考）電子帳簿保存法一問一答 【スキャナ保存関係】

検索性を高めるための工夫

電子契約書データは、必要なときに速やかに目的のものを探し出せるよう検索性を高めておく必要があります。法律上は「取引年月日・取引金額・取引先」で契約書データを検索できることが求められています 。この検索要件を満たすための工夫として、次のような方法があります。

項目	詳細
電子契約管理ツールの活用	クラウド型の電子契約サービスを利用している場合、契約一覧画面から日付や金額、相手先名で検索する機能が標準搭載されていることが多いです。特に企業向けのサービスでは契約のタグ付けやフィルター機能が充実しており、条件を入れるだけで該当契約を瞬時に絞り込めます。
ファイル命名規則の統一	自社でサーバーやフォルダに契約PDFを保存する場合は、ファイル名の付け方をルール化しましょう。たとえば「契約年月日取引先名件名.pdf」のように命名しておけば、PC内検索でもある程度目的の契約書を探しやすくなります。また簡易的な索引簿をExcelなどで作成し、契約概要とファイルパスを対応付けておく方法も考えられます。
検索要件の免除規定の把握	改正電子帳簿保存法では、一定の小規模事業者（前々年売上高が5,000万円以下など）について、調査時にダウンロード提出に応じられる場合は検索機能の確保が不要とされる特例もあります。自社が該当する場合はいざというときの提示方法を決めておき、日頃の検索索引作成の手間を省くこともできます。ただし、この特例を利用する場合でもデータ自体は破棄せず保存し続ける必要がある点に注意が必要です。

（検索機能の意義）
4－14 規則第3条第1項第5号（（検索機能の確保）） （同条第2項及び第5項第7号において準用する場合を含む。）に規定する「電磁的記録の記録事項の検索をすることができる機能」とは、蓄積された記録事項から設定した条件に該当する記録事項を探し出すことができ、かつ、検索により探し出された記録事項のみが、ディスプレイの画面及び書面に、整然とした形式及び明瞭な状態で出力される機能をいう。この場合、検索項目について記録事項がない電磁的記録を検索できる機能を含むことに留意する。（平17年課総4－5、平成27年課総9－8により改正）

参考）法第4条（（国税関係帳簿書類の電磁的記録による保存等））関係 | 国税庁

電子契約した書類の関連書類は、紐づけて管理が必要

電子契約書は契約単体で保存するのではなく、取引の一連の書類と紐づけて管理することが大切です。契約書に至るまでには見積書・発注書・請求書・支払明細などさまざまな帳票が存在し、税務調査ではそれらが互いに辻褄の合う内容かまで確認されます。そのため、契約書と関連書類を以下のようにまとめて管理しておくと良いでしょう。

項目	詳細
契約関連書類のセット管理	契約書 ⇔ 見積書 ⇔ 請求書 ⇔ 支払明細 のように、契約に付随する一連の書類を同じフォルダや同じ案件IDで紐づけて保存します。一つの契約に関する書類一式がすぐ取り出せるようになっていれば、調査官から「この契約の裏付け資料も見せてください」と言われた際にも円滑に対応できます。特に契約金額と実際の請求・支払が合致しているか、こうした資料を通じて説明できるようにしておきましょう。
電子署名ログ・承認フローの保存	電子契約サービスを利用している場合、契約締結時の署名ログ（誰がいつ署名したか）や社内承認フローの記録も取得できることがあります。このような契約プロセスのエビデンスも適切に保存しておきましょう。それらがあれば、契約書面の存在だけでなく「その契約がいつ誰によって正式に締結されたか」を裏付ける資料として提示できます。
システム間連携の活用	契約管理と会計・請求システムが別々になっている場合は、API連携やIDを共有する仕組みを検討してください。たとえば契約書システムの契約IDを請求書システムにも登録しておけば、契約と売上計上のデータを突合しやすくなります。クラウドサービスによっては標準で他システム連携できるものもあります。関連書類を横断的に検索・照合できる体制を整えておくことで、税務調査時の対応力がさらに向上します。

電子契約と電子帳簿保存法

電子契約を語る上で欠かせないのが電子帳簿保存法との関係です。電子契約書は電子取引に該当するため、電子帳簿保存法で定められた保存要件を満たす形で管理する義務があります。これは、電子契約で締結した契約書も国税関係書類として税務上一定期間の保存義務があるためです。紙で契約書を保存する場合と異なり、電子契約の場合は紙への出力保存が原則認められない点を踏まえ、データのまま適法に保存・運用しましょう。

電子契約が電子取引に該当する理由

電子帳簿保存法における「電子取引」とは、取引情報の授受を電磁的方式（電子データ）で行うことを指します。つまり、メールやクラウドサービス、Webシステムなどを通じて契約書データ（PDFファイルや電子署名付きファイルなど）をやり取りする場合、それは法律上「電子取引」に当たります。

電子取引に該当する具体例としては、たとえば以下のようなケースが挙げられます。

• 電子契約サービス（例：電子印鑑GMOサインなど）を利用して契約締結した場合
• PDF形式の契約書をメールに添付して送受信した場合
• チャットツール上やウェブ上の取引システムで契約内容の同意・承認を行った場合

いずれも、契約書の情報を電子的に授受しているため電子取引です。一方、紙の契約書を郵送や対面で取り交わした場合は電子取引には該当しません。ポイントは契約書の形態そのものではなく「やり取りの手段」（電子か紙か）が電子取引の判断基準になるということです。

電子帳簿保存法の改正による影響

2021年〜2022年にかけて関連法が相次いで改正・施行され、電子契約を取り巻く環境は大きく変化しました 。特に電子帳簿保存法の改正は、契約書の保存運用について「紙中心」から「電子保存が原則」へと舵を切るもので、電子契約にも直接的な影響を与えています。以下、電子契約に関わるおもな改正ポイントを確認しましょう。

電子帳簿保存法の改正によって新たに義務化された要件

今回の法改正で最も重要なポイントは、前述のとおり電子取引データの電子保存義務化です。従来は電子メールで受け取った契約書を印刷して保管することも容認されていましたが、2024年1月以降はそれが認められなくなりました。また宥恕措置（経過措置）として2023年末までは紙出力保存が容認されていましたが 、現在はこの猶予期間も終了しています。よって、電子契約書は必ず電子のまま保存するという運用に切り替える必要があります。

さらに、契約書だけでなく請求書・領収書などのあらゆる電子取引が同様の義務対象です。たとえば電子メールで送受信した発注書・請求書データ、Web上で取得した領収書データなどもすべて紙ではなく電子で保存しなければならない点を押さえておきましょう。この義務に違反した場合、最悪は青色申告承認の取り消しや過少申告加算税の加重（10%加算）などの罰則リスクもあり得ます。

電子帳簿保存法の改正によって緩和された点とその影響

一方、改正では事業者の負担を軽減するための要件緩和も行われました。まず挙げられるのが先述した事前承認制度の廃止です。その結果、電子契約や電子保存を始めるために事前に税務署へ申請書類を提出する手間がなくなりました。スピーディーにデジタル化へ踏み切ることができるメリットは大きいでしょう。

また、検索要件の緩和も重要なポイントです。改正前は「2つ以上の任意項目を組み合わせた検索」まで求められていましたが、現在は「取引年月日・取引金額・取引先名」の3項目で検索できればOKとなりました 。さらに、税務調査時に個別データのダウンロード提出に応じられる場合、この検索要件（範囲指定や複数条件）は必須ではなくなります。この緩和により、多額の費用をかけてシステム改修しなくても、エクセル索引や規則的ファイル名での代替対応が可能になりました。

その他にも、タイムスタンプ要件の緩和（受領者による3営業日以内付与から最長2カ月+7営業日以内へ延長）や、適正事務処理要件の廃止（スキャナ保存時の二人チェックや定期検査規定の撤廃）など、電子化を推進しやすくする措置が取られています。これらの緩和策により電子契約のハードルは下がりましたが、同時にデータ管理の自己責任は以前にも増して重要です。要件が緩くなった分、各社が自社の実情に応じて適切な対策を講じ、ガバナンスを確保することが求められます。

よくある質問（FAQ）

まとめ：電子契約と税務署への届出の関係性

電子契約を導入する際、基本的に税務署への届出は必要ありません。これは電子帳簿保存法の改正によって事前承認制度が撤廃されたためで、現在は各企業の判断で電子契約を開始できる環境が整っています。

紙の契約書から電子契約への移行に際して、「税務署に届け出ないと違法になるのでは？」という心配は不要です。

ただし、電子契約を税務上も適切な形で運用するためには、電子帳簿保存法の定める保存要件を満たすことが不可欠です。具体的には、契約データに電子署名やタイムスタンプを付す、見読性を確保するために十分な表示・出力環境を用意する、取引日や金額で検索できる状態にしておく、といった対策が求められます。これらを遵守し、関係書類も適切に備え付けておけば、電子契約書であっても紙の契約書と同様に税務調査で認められる信頼性の高い証憑となります。

さらに、電子契約にはコスト面のメリットもあります。紙の契約書では契約金額に応じて収入印紙を貼る必要がありましたが、電子契約書は印紙税法上の「課税文書」に該当しないため印紙税が非課税です。印紙代の節約や郵送費・保管スペースの削減など、電子契約への移行は企業経費の削減にもつながります。

最後に、電子契約を導入する際は信頼できるサービスを選ぶことが大切です。特に電子帳簿保存法への対応状況はしっかりと確認しておきましょう。具体的には、提供ベンダーやSaaS・アプリが要件を満たしているか必ず確認しましょう。

たとえば電子印鑑GMOサインのようなサービスであれば、契約時に自動でタイムスタンプが付与されたり、契約一覧から容易に検索・ダウンロードが可能になっていたりと、法要件をクリアするための機能が充実しています。自社で一からシステムを整備する負担を減らすためにも、こうしたクラウドサービスの活用を検討すると良いでしょう。